Jodocus van Lodenstein werd op 6 februari 1620 in Delft geboren. Hij studeerde in Utrecht, de stad die hij een groot deel van zijn ambtelijke leven dienen zou, onder Gisbertus Voetius. Daarna vertrok hij naar de universiteit van Franeker, waar hij oosterse talen studeerde bij Johannes Coccejus, bij wie hij kost en inwoning kreeg. In 1644 nam hij een beroep aan naar Zoetermeer-Zegwaard. Daar heeft hij een moeilijke periode meegemaakt; men verdacht hem van remonstrantisme. Zelf schreef hij over zijn Zoetermeerse jaren dat hij er zich als een brandende kaars had verteerd.
Vooral de roomsen haatten hem. Zo is er een verhaal over hem in omloop, dat hij eens door de Dorpsstraat in Zoetermeer wandelde toen een roomse slager, die net een varken had geslacht en het bloed in een emmer had opgevangen, uit pure vijandschap deze emmer over het hoofd van de predikant uitgoot. Om vurige kolen op het slagershoofd te laten neerkomen, gaf Van Lodenstein zijn dienstbode opdracht om meteen vier pond van het duurste vlees te kopen.
Zes jaar later werd hij predikant in Sluis, in de vacature van ds. Koelman. In 1653 nam hij de herderstaf in Utrecht op, waar hij tot zijn overlijden op 6 augustus 1677 zou blijven. Hij werd begraven in het familiegraf in het koor van de Oude Kerk te Delft. Van hem bestaat geen portret. Hij zou de eerste predikant zijn geweest die de driekante steek droeg.