Het oeuvre van Mulisch is omvangrijk en het lijkt ook erg gevarieerd. Er zijn naast de romans bundels korte verhalen, novellen, essays, reportages, reisverslagen, gedichtenbundels, bewerkingen van opera's, toneelstukken, gepubliceerde toespraken enzovoort. Met "Mijn getijdenboek" (1975) schreef hij een autobiografie, die overigens slechts tot 1950 loopt.


In 1980 publiceerde Mulisch "De compositie van de wereld", een omvangrijk filosofisch werk waarin hij alle verschijnselen in één "meta-beginsel" wil vatten; alle chaotische verschijnselen van het heelal dienen aan één denkprincipe te worden onderworpen. In 1949 sloeg Mulisch op een piano een toon aan en daarna de octaaf ervan. Hij kwam tot de ontdekking dat de tweede toon niet identiek is aan de eerste, maar ook niet niet-identiek. Het is dezelfde en niet dezelfde. Deze paradox heeft Mulisch als werktuig voor zijn systeem gebruikt.

Bescheidenheid is hem daarbij vreemd. Hij begon aan zijn denksysteem te werken "dat aan álle waarheden plaats inruimde en zo mijn persoon volledig recht zou doen". Andere uitspraken: "Als een ideologie niet in mijn systeem past? Dan is het echt onzin". "Ik vertegenwoordig het overkoepelend denksysteem dat alle denksystemen in zijn macht heeft". En als klap op de vuurpijl: "Als God bestond, had hij de wereld volgens dit systeem gemaakt". De schrijver als god... Een thema dat in Mulisch' oeuvre inderdaad regelmatig terugkeert.

Alchemist 
Zo gaat Mulisch werken aan zijn systeem, dat voor alle tijden geldt. Hierin krijgt de paradox de belangrijkste plaats. Via de paradox kunnen zijn en worden, beweging en stilstand, de ratio en het irrationele met elkaar worden verbonden. Het geheel wordt, zoals Graa Boomsma enigszins denigrerend schrijft in zijn artikel "De schrijver als profeet en verlosser", op smaak gehouden door "snufjes antropologie, natuurkunde, scheikunde, biologie, evolutieleer, kunst, futurologie, theologie, psychoanalyse en de laatste nieuwtjes over het heelal en de zwarte gaten". Het boek is volgens dezelfde auteur een verslag over geboorte, leven en dood van individu, gemeenschap, wereld en heelal, waarbij leven en dood geen tegenstelling van elkaar zijn.

Daarbij blijft Mulisch iets van de alchemist houden. Het gaat een alchemist om de proefnemingen. Die proefnemingen zijn dan Mulisch' boeken. Het schrijfproces is een alchemistisch proces. Mulisch zegt ervan: "Schrijven is iets dat gebeurt: op het papier, in het schrijven". Bij de echte alchemist was het technische proces van het goud maken volgens Mulisch tegelijk een geestelijke oefening. Het eindresultaat werd dan niet zozeer goud, alswel het Filosophische Ei, het Grote Elixer... de Steen der Wijzen. Zo komt het magnum opus tot stand.

Het is vanuit het bovenstaande te begrijpen dat, ondanks de grote verscheidenheid in het werk van Mulisch, er toch sprake is van een grote eenheid. Zijn oeuvre is als het ware het nieuwe lichaam van de auteur, zegt Frank C. de Rover. Thematisch wordt dit werk bijeengehouden door zijn magisch-mythische levensfilosofie.

Oedipus
De belangrijkste mythe is voor Mulisch de Oedipus-mythe, althans zoals Mulisch die interpreteert. De kern hiervan is dat Oedipus, door het orakel van Delphi daartoe voorbestemd, zijn vader zou doden en zijn moeder zou huwen. Door allerlei noodlottige omstandigheden kwam het inderdaad zover. Toen Oedipus tot de ontdekking kwam dat de orakelspreuk volledig in vervulling was gegaan, heeft hij zich de ogen uitgestoken en zijn vrouw en moeder verlaten. Deze mythe wordt door Mulisch gezien als een poging om het probleem van de tijd op te lossen. De tijd wordt doorbroken door Oedipus' daden tegenover zijn ouders. Hiermee wordt gelijk de dood overwonnen. Hij kan die overwinning bereiken door te pogen aan God gelijk te worden. Het is ook mogelijk door terug te gaan naar het begin, naar de moeder, en door de plaats van de vader in te nemen, bijvoorbeeld door hem te vernietigen.

Het gaat de schrijver om het duiden van de achter de werkelijkheid liggende mythe. De schrijver wordt zo als het ware een middelaar tussen de mens en het onzegbare. Die duiding gebeurt door middel van het woord. Het magische element, zagen we, betreft het schrijven zelf, omdat Mulisch het zo mogelijk de magische kracht wil teruggeven. Alleen door middel van het woord kan gepoogd worden om de werkelijkheid te betrappen, zegt F. C. de Rover in een beschouwing over Mulisch' werk.

Mulisch-motieven
In de vormen waarin dat werk zich manifesteert, kunnen drie perioden worden onderscheiden. In de eerste periode, ongeveer samenvallend met de jaren vijftig en beginnend met "Archibald Strohalm", publiceerde Mulisch romans, novellen en verhalen waarin een mengeling van mythologische en magische motieven overheerst. In een gewoon beginnend verhaal wordt al snel genaderd tot het wonderbaarlijke en het goddelijke. De beschreven gebeurtenissen zijn als fantaisistisch aan te duiden. Typische Mulisch-motieven zijn: vergoddelijking, schuld, seksualiteit, verhouding tot de vader en de moeder. Deze eerste periode wordt afgesloten met "Het stenen bruidsbed" (1959), dat door velen beschouwd wordt als een van zijn beste romans. In deze roman begint de fantasie de werkelijkheid al meer te benaderen.

In de tweede periode, die ongeveer samenvalt met de jaren zestig, schreef Mulisch geen fictief proza meer. De realiteit, en natuurlijk ook de auteur zelf, treden op de voorgrond. In 1961 publiceerde hij "Voer voor psychologen", een verzameling met sterk autobiografische stukken. Wanneer men Mulisch grondig wil bestuderen, kan men niet om dit boek heen. Hij legt hierin verantwoording af van zijn thema's en zijn opvatting van het schrijverschap. In deze jaren koos de links gerichte Mulisch ook voor het maatschappelijk engagement. Dat bleek heel duidelijk uit de aandacht die hij besteedde aan de zaak-Eichmann. De nazi-misdadiger was vanuit zijn bureaustoel verantwoordelijk voor de Endlösung, de vernietiging van de joden in de Tweede Wereldoorlog.

Eichmann en Castro
Het proces dat tegen Eichmann in Jeruzalem werd gevoerd, was voor de erbij aanwezige Harry Mulisch een belangrijk feit. In Eichmann zag Mulisch niet de klassieke misdadiger, hij was volgens hem niet de man die nergens voor deugde; hij deugde juist overal voor. Hij handelde op bevel van anderen, omdat hij zelf leeg was. Als Albert Schweitzer rijkskanselier was geweest, die hem het bevel gegeven zou hebben om alle zieke negers naar moderne hospitalen te vervoeren, had hij zich evenzeer uitstekend van zijn taak gekweten. Dat is het verontrustende. Als zodanig wijst dit boek ook vooruit naar een totaal gemechaniseerde samenleving. Het gevaar is dat er "mensen zullen komen als machines, gehoorzamend aan impulsen, zonder de mogelijkheid deze op hun aard te onderzoeken". Als zodanig was Eichmann voor Mulisch het "symbool van de vooruitgang".

Dezelfde kritisch geëngageerde houding komen we tegen in zijn protest tegen de Amsterdamse regentenmentaliteit in 1966, dat hij van zich afschreef in "Bericht van de rattenkoning". In provo's en hun verwanten zag Mulisch de revolutionaire voorhoede in de strijd tegen de gelijkschakeling van een gemechaniseerd menstype. Was hij in het laatstgenoemde boek vooral tégen establishment, in "Het woord bij de daad" (1968) propageerde hij sterk de revolutie op Cuba onder leiding van Fidel Castro.

Castro was voor Mulisch in alles het tegendeel van Eichmann. Cuba bevindt zich in de voorhoede in de strijd voor de bevrijding van de derdewereldlanden. Dat Mulisch hierbij meer een droom beschreef dan een politieke realiteit, moet hem pijnlijk gebleken zijn door het feit dat Castro zélf afstand nam van een aantal West-Europese luxe-salonsocialisten die zo lyrisch schreven over zijn eiland.

Verbeelding
De derde periode, die tot nu voortduurt, begon ongeveer met de jaren zeventig. "De verteller" (1971) kondigde deze al aan, maar er is pas volledig sprake van met de roman "Twee vrouwen", een eenvoudig verteld, wat melodramatisch verhaal over twee lesbische vrouwen, waarin echter alle toevallige gebeurtenissen een symbolische lading hebben. Mulisch keerde definitief terug tot de verbeelding.

Vooral "De aanslag" (1982), een roman over de "geschiedenis van een voorval", verraste door een heldere schrijftrant en een hechte structuur. Het boek werd een buitengewoon succes, ook verkooptechnisch gezien. Enkele hoogtepunten uit de jaren na dit boek zijn "Hoogste tijd" (1985) en vooral "De ontdekking van de hemel" (1992).